Edward y Alphonse Elric son asignados para perseguir a Melvin Penal, un prisionero quien escapó de la cárcel poco antes de terminar su condena a la ciudad fronteriza de Milos, conocida como Table City, la cual ha estado mucho tiempo en disputa entre los países de Amestris y Creta. En esta ciudad, ellos se encuentran a una misteriosa chica inmigrante llamada Julia Crichton, así como una organización terrorista conocida como los Murciélagos Negros, los cuales buscan la liberación de Milos.