Igarashi Ganta solía ser un alumno normal de secundaria, hasta que un día un hombre al que Ganta denomina "El Hombre Rojo" asesina a toda su clase, sólo dejándolo vivo a él. Al ser el único sobreviviente, Ganta es acusado por el asesinato de todos sus compañeros, y éste, sin poder defenderse, es condenado a muerte para ser recluido en la prisión Deadman Wonderland, la única prisión privada de Japón, construida en el epicentro de un desastre natural que hundió la mayor parte de Tokio hace 10 años. En esta retorcida prisión, todos los presos son exhibidos como parte de juegos mortales, en donde deben arriesgar su vida para poder sobrevivir.