En un mundo donde la ciencia ha sido reemplazada por la alquimia con fundamento en el intercambio equivalente, Edward y Alphonse Elric son dos hermanos que tratan de resucitar a su madre tras su muerte mediante la transmutación humana. En un intento fallido, Edward pierde su pierna izquierda y Alphonse todo su cuerpo, pero Edward logra retener el alma de su hermano en una armadura sacrificando su brazo derecho. Varios años después, Edward ahora es un alquimista estatal, nombrado como "El Alquimista de Acero", quien junto con Alphonse viajan por todo el país en busca de los secretos de la piedra filosofal: un amplificador de la alquimia que se dice puede burlar el intercambio equivalente y así, poder recuperar sus cuerpos, sin imaginarse los secretos y peligros que se encuentran detras de ésta.