Fate/Zero se desenvuelve 10 años antes de Fate/Stay Night, narrando los eventos ocurridos durante la Cuarta Guerra del Santo Grial en Ciudad Fuyuki. La historia de la Guerra comenzó hace cientos de años, con la creación del Santo Grial hecho por las familias Einzbern, Makiri (Matō) y Tōsaka; la familia Einzbern está decidida a ganar el Santo Grial, y por esta razón han reclutado a Kiritsugu Emiya, un asesino de magos sin escrúpulos que no le importa el método a usar siempre que termine con su enemigo.