Bajo el constante ataque de los Ángeles, NERV introduce dos nuevos pilotos: la misteriosa Mari Illustrious Makinami, a cargo de pilotar la unidad provisional del EVA-05 contra el Tercer Ángel, y a la intensa Asuka Langley Shikinami, quien llega a Tokyo-3 junto al EVA-02 durante el ataque del Séptimo Ángel. Paralelamente, Gendo Ikari y SEELE proceden con el proyecto secreto que involucra tanto a Rei como a Shinji. Esta es una versión extendida de Evangelion 2.0.